Berdirinya Balai Diklat  Keagamaan Banjarmasin tidak dapat dipisahkan dari sejarah pembentukan Kementerian Agama dan Kantor Wilayah Kementerian Agama Provinsi Kalimantan Selatan. Semenjak dibentuknya Kementerian Agama pada tahun 1946  telah diterbitkan berbagai Peraturan Menteri Agama dan Keputusan Menteri Agama dalam  rangka penyempurnaan Susunan Organisasi dan Tata Kerja Kementerian Agama.

Sejarah  berdirinya    Kantor   Wilayah   Kementerian   Agama Provinsi Kalimantan  Selatan diawali dengan terbentuknya Kantor Urusan Agama Provinsi Kalimantan Selatan yang berstatus persiapan dan diresmikan   oleh Menteri Agama Republik Indonesiapada tanggal 01 Agustus 1950. Pada tahun 1968, terbentuklah perwakilan Departemen  Agama Provinsi Kalimantan Selatan yang berfungsi untuk mengkoordinir  jawatan-jawatan agama yang ada.Kemudian, dengan diterbitkannya Kepres Nomor  44 dan 45 Tahun 1974 yang diikuti lagi dengan keluarnya KMA Nomor 18 Tahun 1975, maka perwakilanDepartemen Agama Provinsi Kalimantan  Selatan itu diubah menjadi Kantor Wilayah untuk tingkat Provinsi dan Kantor Departemen  Agama KabupatenIKota  untuk tingkat Kabupaten/Kota serta Kantor Urusan Agama Kecamatan untuk tingkat Kecamatan.

Terkait pendidikan dan pelatihan pegawai Kementerian Agama, pada awalnya Pendidikan dan Latihan (Diklat) pegawai menjadi tugas Biro Kepegawaian namun kemudian dialihkan ke Biro Penelitian dan Analisa setelah diterbitkannya KMA Nomor 47 Tahun 1963 tentang Perincian Organisasi dan Tata Kerja Kementerian Agama. Pada tahun 1969, tugas ini kembali kepada Biro Kepegawaian dengan diterbitkannya KMA Nomor 114 Tahun 1969 tentang Struktur Organisasi, Tugas-Kewajiban, Wewenang dan Tata Kerja Departemen Agama Pusat. Dalam perkembangan selanjutnya, bidang kediklatan dilimpahkan kepada Pusat Pendidikan dan Latihan (Pusdiklat) Pegawai setelah diberlakukannya KMA Nomor 18 Tahun 1975 tentang Susunan Organisasi Departemen Agama. Pusdiklat Pegawai ini berada di bawah Sekretariat Jenderal Departemen Agama.

Di dalam KMA Nomor 18 Tahun 1975 juga dijelaskan bahwa apabila dipandang perlu maka Menteri Agama dapat membentuk Unit Pelaksana Teknis (UPT) di lingkungan Departemen Agama sesuai kebutuhan masing-masing, termasuk pembentukan Balai Pendidikan dan Latihan di daerah-daerah dengan terlebih dahulu mendapat persetujuan tertulis dari Menteri Pendayagunaan Aparatur Negara.

Seiring dengan semakin banyaknya pengangkatan guru agama di Kalimantan Selatan, maka pembinaan pun perlu dilakukan. Karena itu, dibentuklah  Balai Pendidikan Guru Agama (BPGA) sebagai bagian dari Kantor Wilayah Departemen Agama Provinsi Kalimantan Selatan yang berlokasi di Banjarmasin. Pada tahun 1979, jabatan kepala BPGA dipercayakan kepada Drs. H. Achmad Rabbani.

Secara nasional, volume dan beban kerja di bidang pendidikan dan latihan pegawai semakin meningkat, tidak terkecuali di Kalimantan Selatan. Dengan menimbang hal tersebut dan juga atas dasar prinsip sentralisasi perencanaan dan desentralisasi dalam penyelenggaraan pendidikan dan latihan pegawai di lingkungan Departemen Agama, maka Menteri Agama membuat    usulan pembentukan Balai Pendidikan dan Latihan di lingkungan Departemen Agama. Usulan tersebut mendapatkan persetujuan Menteri Pendayagunaan Aparatur Negara dalam surat Nomor
B-5041I1MENPAN/3/1981. Menteri Agama menindaklanjuti persetujuan itu dengan menerbitkan KMA Nomor 45 Tahun 1981 tentang Organisasi dan Tata Kerja Kantor Wilayah Departemen Agama Provinsi, Kabupaten/Kotamadya   dan Balai Pendidikan dan Latihan Pegawai Teknis Keagaman Departemen Agamapada tanggal 23 Mei 1981.

Sesuai KMA Nomor 45 Tahun 1981tersebut berdirilab 12 (dua belas) Balai Pendidikan dan Latihan Pegawai Teknis Keagamaan  Departemen Agama, yang salah satunya berada di Kalimantan  Selatan. Posisi sebagai kepala Balai Diklat Pegawai Teknis Keagamaan Banjarmasin tetap dipercayakan kepada Drs. H. Achmad Rabbani.

Balai Diklat Pegawai Teknis Keagamaan Banjarmasin dibangun pada lahan dengan luas tanah 12.993 m2 (Sertifikat No. 2690/2000) yang berlokasi di Jl. A. Yani KM 22 No. 22 Landasan Ulin Banjarbaru Provinsi Kalimantan Selatan dan diresmikan pada tanggal 3 Pebruari 1984 oleh Kepala Biro Kepegawaian Departemen Agama saat itu, H. Aswasmarmo.

Pada   awalnya, kuantitas kegiatan pelatihan masih sangat sedikit. Karena pada saat ito akses transportasi masih sangat   terbatas dan jarak Banjarmasin Banjarbaru cukup jauh maka untuk memudahkan koordinasi dengan Kantor Wilayah Kementerian Agama Provinsi Kalimantan Selatan, Drs. H. Achmad Rabbani mengambil kebijakan untuk menyewa kantor di PIll Kalimantan Selatan yang beralamat di II. Kertak Baru Ilir Banjarmasin (sekarang menjadi Jl, Mf Haryono). Selain itu, para pegawai Balai Diklat Pegawai Teknis Keagamaan Banjarmasin mayoritas berdomisili di Banjarmasin terbanto dengan adanya kebijakan ini. Dengan demikian, kegiatan operasional Balai Diklat Pegawai Teknis Keagamaan Banjarmasin pun dilaksanakan di dua tempat, yakni di Banjarbaru dan di Banjarmasin. Keadaan ini berlangsung dari tahun 1989- 1991.

Seiring perkembangannya, terjadi penataan organisasi Balai Diklat Keagamaan mengikuti  perubahan  Organisasi dan Tata Kerja Departemen Agama. HaI ini ditandai dengan diterbitkannya KMA Nomor 345 Tahun 2004 Tentang Organisasi dan Tata Kerja Balai Pendidikan dan Pelatihan Keagamaan, nomenklatur Balai Pendidikan dan Latihan Pegawai Teknis Keagamaan berubah menjadi Balai Pendidikan dan Pelatihan Keagamaan yang merupakan Unit Pelaksana Teknis Badan   Litbang Agama dan Diklat Keagamaan. Dengan demikian Balai Diklat Pegawai Teknis  Keagamaan Banjarmasin menjadi Balai Diklat Keagamaan Banjarmasin dengan wilayah  kerja meliputi Kantor Wilayah Kementerian Agama Provinsi Kalimantan Selatan, Kalimantan Tengah dan Kalimantan Timur (sejak tahun 2013  bertambah dengan Kalimantan Utara) dengan 41 Kabupaten/Kota.

Kepala Balai  Diklat Keagamaan Banjarmasin sejak terbentuknya sampai sekarang adalah sebagai berikut

  1. Drs. H. Achmad Rabbani (1979 - 1993)
  2. Drs. H. Marzuki (1993 - 1997)
  3. Drs. H. Anwar Aziz (1997 - 2002)
  4. Drs. H. Napiah Muhja (2002 - 2005)
  5. Drs. H. Noor Tajuddin (2005 - 2009)
  6. Drs. H. Baseri, M.Pd. (Pgs. Kepala, 2009 - 2010)
  7. DR. H. A. Rahmani, M.Ag. (2010 - 2016)
  8. Drs. H. Humaidi, S.Sos., MAP (2016 - 2018)
  9. H. Zainal Ilmi, S.Ag., M.Pd.I (2018 - 2019)
  10. Drs. Muhran (2020 -  Sekarang)